Nasazení týmů do 3. kola fotbalového poháru vyvolalo kontroverzi. Mezi nenasazenými týmy se ocitla Zbrojovka Brno, která byla při losování přiřazena k prvoligové Plzni. Jediným nasazeným druholigovým týmem byla pražská Dukla, která se měla utkat s Opavou. Brněnský klub však tvrdí, že nasazení proběhlo nesprávně.
Brněnský sportovní manažer Zdeněk Psotka uvedl, že pohár je pro jejich klub důležitou soutěží a vnímají ho jako příležitost zlepšit sportovní renomé. Zároveň je však důležité dodržovat platný rozpis soutěže, jinak hrozí riziko snížení soutěže. Doufají, že Fotbalová asociace najde způsob, jak tento problém vyřešit.
Před losováním byly týmy rozděleny na licencované (první a druhá liga) a nelicencované (od třetí ligy níže), které měly jistotu domácího zápasu. Pole 32 týmů bylo rozděleno na nasazené a nenasazené týmy, přičemž kluby ze stejné skupiny nemohou hrát proti sobě. Nasazení se určuje podle aktuální sezony.
Z prvoligových týmů do 3. kola nepostoupila pouze Karviná, takže mezi nasazenými týmy jsou 15 prvoligových klubů. Sporné je přidělení zbývajícího místa pro tým z druhé ligy. Podle rozpisu rozhoduje umístění v minulém ročníku. Nejvýše umístěné druholigové týmy v minulém ročníku byly Brno a Vyškov, ale ani jeden z nich nedostal přednost před Duklou při losování.
Celá situace vyvolala diskuse a kritiku ze strany nenasazených týmů, které se cítí poškozené. Je otázkou, zda Fotbalová asociace najde vhodné řešení a jak se situace bude dále vyvíjet.
